Soubor budov Masarykova nádraží vlastní společnost České dráhy, a. s., která pronajímá převážnou část využitelných ploch objektů společnosti Masaryk Station Retail, s. r. o., jejímž majoritním vlastníkem je Penta. Společnost Masaryk Station Retail nese většinu finančních nákladů na rekonstrukci veřejných prostor nádraží, obchodních jednotek, pokladen a sociálního zařízení.
Rekonstrukce klasicistní budovy železniční stanice byla zahájena v roce 2012. Na zpracování projektu revitalizace historických budov Masarykova nádraží se podílí společnosti SUDOP Praha a.s. a TaK Architects s.r.o. Společnost TaK Architects s.r.o. reprezentovaná Ing. arch. Markem Tichým zastřešuje celkový koncept architektonického přístupu k rekonstrukci této nemovité kulturní památky.
Byla provedena komplexní rekonstrukce zastřešení hlavní odjezdové haly, včetně jejího průčelí do Havlíčkovy ulice. V letech 2016–2018 bylo navázáno zbudováním nové podlahy haly, včetně technologických prvků pod ní, opravou fasád a osazením nových otvorových výplní, včetně citlivého reklamního značení nájemních jednotek. V roce 2016 byla zbudována také nová trafostanice v suterénních prostorách.
V roce 2017 byly na Masarykově nádraží zřízeny nové toalety pro cestující a rekonstruována fasáda severo-východního objektu, včetně osazení nových otvorových výplní a restaurátorské repase historicky hodnotných dveří do prostor bývalé celnice. Od roku 2016 dochází průběžně k obměně a obnově obchodních jednotek, které nabízejí cestujícím očekávaný standard dnešní doby.
Součástí rekonstrukce budovy byla oprava interiéru i exteriéru.
Budova byla nově omítnuta, byla vyměněna okna a opravena byla také konstrukce přístřeší v průčelí budovy.
Pohled na budovu z tramvajové zastávky Masarykovo nádraží.
V odjezdové hale byla opravena střecha s charakteristickými litinovými sloupy a dalšími nosnými prvky, obnoveny byly i další části trámoví a jejich zdobení, došlo také k rekonstrukci podlahy.
Výraznou proměnou prošly komerční prostory nádražní budovy na rohu Havlíčkovi ulice a ulice Na Florenci. Ty jsou postupně předávány novým provozovatelům. Cílem je výrazně zvýšit kvalitu nabízených služeb a komfort cestujících i dalších návštěvníků území.
V roce 2017 byly na Masarykově nádraží zřízeny nové toalety pro cestující.
V současné době je v nádražní budově připravována modernizace pokladen Českých drah a probíhá oprava parteru a interiéru budovy na rohu Hybernské a Havlíčkovy ulice. Nové pokladny budou umístěny blíže samotným nástupištím, dále bude rekonstruována fasáda jihovýchodního objektu, včetně jejích otvorových výplní, a budou probíhat další práce na obměně a doplnění nových obchodních jednotek. To vše za provozu nádraží ve snaze minimalizovat dopady rekonstrukce na komfort cestujících.